Tại Guatemala, Hội Đồng Giám Mục nước này thường xuyên có những mâu thuẫn trầm trọng với nhà cầm quyền. Tình trạng căng thẳng diễn ra thường xuyên là do chính phủ nước này thường không quan tâm đến những người nghèo khổ và trong quá khứ quân đội nước này đã phạm vào những tội ác ghê tởm chống lại dân lành vô tội.

Tưởng cũng nên nhắc lại, hôm 26/4/1998, Đức Giám Mục Gerardi đã bị một nhóm quân nhân đánh tới chết vì đã tố cáo quân đội nước này thảm sát dân lành. Ba quân nhân trong đó có một trung tá và một đại úy đã bị tuyên án tù vì tham dự trực tiếp vào vụ này.

Hôm 17/8/2002, Đức Giám Mục Alvaro Ramazzini Imeri thuộc giáo phận San Marcos cho biết "Các Đức Giám Mục tại Guatemala đã lên tiếng chống lại chính sách tái vũ trang quân đội và cảm thấy rất chướng mắt trước những điều nhà nước đã làm với Đức Thánh Cha". Đức Cha muốn ám chỉ đến sự kiện chính phủ nước này đã bắn 21 phát đại bác chào mừng Đức Thánh Cha, một việc không có bàn trước với Hội Đồng Giám Mục Guatemala.